E’ stato legato per a Mirella Parachini ma nel 2010 ha fatto outing parlando in un’intervista su Chi : “Noi abbiamo convissuto per quasi trent’anni poi abbiamo attuato una separazione che è solo logistica, forse perché stiamo troppo bene insieme. Ho avuto tre o quattro uomini che ho amato molto. Ma non c’è mai stata alcuna gelosia con lei. Potevamo avere, e avevamo, anche altre storie, ne parlavamo prima e durante, senza che nulla ci abbia potuto mai dividere”.
Proprio in questa intervista parlò della possibilità di avere avuto un figlio dopo una relazione con una donna: “Con Mirella, la mia compagna di sempre, ci abbiamo riflettuto tanto. Ci dicevamo: ‘quando saremo pronti per essere in tre, perché anche l’altro possa essere felice, lo faremo.’ Ma io non ne ho mai avuto voglia, anche se ho un forte dubbio su una ragazza che conobbi tanti anni fa. Si chiamava Gabriella, era napoletana. Chissà che non ci sia un cinquantenne in giro che mi somiglia fin troppo“.
Marco Pannella ha lottato per il diritto al divorzio, all’aborto ed i diritti dei carcerati ed è stato un forte sostenitore dell’amore libero tanto da non aver alcuna paura a definirsi omosessuale o bisessuale.